Как отражать отпуск в 6-НДФЛ, зависит от даты, когда доход получен. Обычные и доначисленные отпускные могут попасть в разные кварталы.

Во втором разделе 6-НДФЛ отпускные появятся в том периоде, в котором:

• выплачены  доходы, начислен и удержан НДФЛ (даты по строке 100 и 110);
• наступил день, не позже которого НДФЛ перечисляется в бюджет (последнее число месяца, в котором отпускные получены, или ближайший рабочий день).

Если бухгалтер пересчитал отпускные в большую сторону, разницу отражает как еще одну выплату на период отпуска. Примеры и образцы смотрите в статье «Как отразить отпускные в 6-НДФЛ»