Независимо от того, когда выдавалась июньская зарплата, в 6-НДФЛ за полугодие укажите выплаты по строке 020. Налог с этих доходов включите в строку 040. Добавлять ли налог в строку 070, зависит от даты выплат.

Дата возникновения дохода по июньской зарплате – 30.06.2017. Если зарплата выдается в последний день истекшего месяца, дата удержания НДФЛ будет такой же (30.06.2017). Значит, удержанный налог необходимо отразить по строке 070. Если июньскую зарплату выдают в июле, в строку 070 июньский НДФЛ не попадет. Подробности – в статье «Заполнение строки 070 в 6-НДФЛ».

А вот в разделе 2 полугодового расчета июньской зарплаты не будет в любом случае. Ведь даже если дата удержания НДФЛ  — 30 июня, срок уплаты налога выпадает на 3 квартал. Поэтому расшифровывать эти операции в разделе 2 вы будете уже в следующем отчете (за 9 месяцев). Об этом – в статье «6 НДФЛ (заполнение строки 100, 110, 120)».