Основное применение, которое находит семя льна в современной медицине, — это лечение болезней органов пищеварения. При контакте семян с водой образуется слизь, которая длительное время удерживается на стенках желудка и кишечника, защищая слизистые оболочки от раздражения пищеварительными соками. Вещества, входящие в состав семени льна, оказывают обволакивающее, противовоспалительное и легкое слабительное действие. Жирные масла способствуют регенерации тканей. Таким образом, семя льна является незаменимым средством при лечении гастритов и язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки. Клетчатка, содержащаяся в льняном семени, является хорошим сорбентом и усиливает моторику кишечника, что важно при запорах, колитах и энтеритах.

Полиненасыщенные жирные кислоты, содержащиеся в льняном семени, необходимы для строительства и регенерации клеточных оболочек и получения нужных для организма соединений, способствуют улучшению состояния кожи, снижению уровня холестерина в крови. Семена льна используют для профилактики и лечения атеросклероза и его последствий: инсульта, инфаркта, тромбозов. Употребление семян льна в пищу позволяет снижать дозы инсулина у больных сахарным диабетом, оказывает десенсибилизирующее действие при аллергических заболеваниях. Отвар семени льна обладает противопаразитарным эффектом. Его применяют при воспалительных заболеваниях полости рта, горла, при сухом кашле.

Помимо случаев индивидуальной непереносимости, семя льна не рекомендуется к употреблению при остром холецистите и хроническом холецистите в стадии обострения, при непроходимости кишечника, стриктурах пищевода, детям до 12 лет. Само применение семян внутрь без достаточного приема жидкости может привести к кишечной непроходимости.